分子モデリングソフトウエアの公開(私立大学教育活性化設備整備事業)

A. Chem Draw for iPad (CDSL for mobile)

本学が所有するChemBioOffice包括ライセンスには、iPad (iOS7)で稼働する構造描画ソフトウエアChem Draw for iPad (CDSL for bobile)が含まれています。このソフトウエアのiPadへのインストール手順を別ページに掲載します。

B. SYBYL-X2.1.1とSpartan’16

情報教育研究センターでは私立大学教育活性化設備整備事業の一貫としてSYBYL-X2.1.1とSpartan’16のライセンスを全学に提供します。利用希望者はモデリングソフトウエア利用申請書を本センター宛に提出してください。
いずれの分子モデリング・ソフトウエアも各研究室のPCあるいはMacにインストールでき、本センターが設置したライセンス認証サーバにアクセスすることで利用することができます。

1) SYBYL-X2.1.1

    Windows版、Mac版、Linux版の3種のプラットフォームに対応しています。インストールとライセンス認証の手順を別ページに掲載します。全学に向けて2ライセンスを提供します。

SYBYL はTripos社が開発した分子モデリング・ソフトウェアで、欧米・国内の製薬関連企業・大学で広く利用されているソフトウェアです。SYBYLはSybyl/Baseと呼ばれる基本プラットホームと、その上で動作する各種モジュールで構成されており、研究方針・内容に対応して柔軟に組み合わせて利用することができます。
SYBYL/baseには、低分子から生体高分子まで広範囲の分子を対象に、構造構築・表示・計算・解析を効率的に行う基本機能が準備されています*。

*http://www.w-fusion.com/J/tripos/SybylBase.html

2) Spartan’16

    Windows版とMac版からご利用いただけます。インストールとライセンス認証の手順を別ページに掲載します。全学に向けて3ライセンスを提供します。

Spartan’14をSpartan’16にバージョンアップしました。 Spartan’16はWavefunction, Inc.が開発した分子モデリング・ソフトウェアで(太文字部分はサイト管理者による加筆)、分子力場法、Semi-Empirical(半経験的分子軌道)法、Hartree-Fock(非経 験的分子軌道)法、 密度汎関数法、Møller-Plesset、高次の電子相関までの計算手法を導入しています**。

**http://www.wavefun.com/japan/products/windows/Spartan16/win_spartan.html

3)Macromodel9.1

    情報教育研究センターでは分子力学法と分子動力学法による分子モデリング・ソフトウエア、Macromodel9.1のライセンスを1ライセンス所有しています。利用されたい方は本センターまでご連絡ください。

Versatile, full-featured program for molecular modeling
MacroModel combines leading force fields, accurate effective solvation models, and advanced conformational searching methods to provide the most complete molecular modeling package suitable for a wide array of research.

The Advantages of Force Field-based Molecular Modeling
The energy and properties of a chemical system depend on the exact three-dimensional molecular structure. Subtle variations in functional groups can result in dramatic differences in behavior. Force field methods that represent the potential energy of a molecule as simple functions of distances and angles between atoms have proven to be an efficient and effective approach to obtaining accurate relative energies for chemical systems. The efficiency of force field-based calculations allows the exploration of large portions of the conformational space, revealing the detailed relationship between structure and energy.

Force field-based molecular modeling is routinely applied to examine molecular conformations, molecular motion, and intermolecular interactions, such as those in a ligand-receptor complex***.

***http://www.schrodinger.com/productpage/14/11/

以上。