バイオ系アプリケーションの公開

5大学連携プロジェクトでは8つのパブリックドメインにあるバイオ系アプリケーションを公開します。

1) BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
2) BWA (Borrows-Wheeler Aligner)
3) Bowtie/MACS
4) MAQ (Mapping and Assembly with Quality)
5) SAMtools
6) SRAtoolkit
7) R言語

利用するためには5大学連携プロジェクトサーバportia.sp.toyaku.ac.jpにログインする必要があります。利用を希望される方は「バイオ系アプリケーション利用申請」を件名としたメールを情報教育研究センター(netinfo@toyaku.ac.jp)宛に送付してください。
なお、本プロジェクトサーバには学外からログインすることはできません。

利用に当たっては、クライアント端末の設定方法およびプロジェクトサーバへのログイン方法を参照してください。

公開されたバイオ系アプリケーションの概要を以下に示します。

1) BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
塩基配列やアミノ酸配列を類似検索するプログラムで、類似している箇所や類似度を算出する。配列の類似度から機能や進化の推定を行う。
BLASTはコマンドラインによる利用のほか、ブラウザから利用することもできます。
利用方法の詳細
公式サイト:BLAST

2) BWA (Borrows-Wheeler Aligner)
短い塩基配列をヒトゲノム配列のような長いリファレンス配列に対してアライメントするプログラムである。
利用方法の詳細
公式サイト:BWA

3) Bowtie/MACS
Bowtie
メモリの消費量が少ない超高速のショートリードアライメントツールである。1時間で2500万件/35bpのショートリードをヒトゲノムにアライメントする。
MACS
Bowtieによるマッピング結果を用いて転写因子結合部位のピークを検出する。
利用方法の詳細
公式サイト:Bowtie/公式サイト:MACS

4) MAQ (Mapping and Assembly with Quality)
リファレンス配列へのマッピング結果を用いてアセンブルすることができる。
利用方法の詳細
公式サイト:MAQ

5) SAMtools
SAMフォーマットに対してソートやマージ、SNPの検出などを行うことができる。SAM (Sequence Alignment/Map)フォーマットは、大規模塩基配列アライメントを蓄積するための一般的なフォーマットである。
利用方法の詳細
公式サイト:SAMtools

6) SRAtoolkit
NCBI(National Center for Biotechnology Information)では、ショートリードアーカイブを圧縮されたフォーマットでのみ公開している。SRAtoolkitは、それらのファイルを解析に利用するためのFASTQ形式へ変換する機能などが含まれる。
利用方法の詳細
公式サイト:SRAtoolkit

7) R言語
統計解析やその結果を可視化することに適したフリーソフトウェアのプログラミング言語およびその開発実行環境である。
利用方法の詳細
公式サイト:R言語